Известный казаковский проект перестройки дома датируют обыкновенно периодом между 1806 годом (покупкой дома) и 1810 (год подписания Казаковым окончательной сметы). Между тем на плане первого этажа дома из собрания Музея архитектуры имеется надпись карандашом: «у Пречистенского дворца, где помещался его высочество (Великий князь Павел Петрович — Е. Н.), а ныне казармы» и рядом набросок фасада, схематический, но вполне точно отвечающий проекту Казакова.
Из этого можно заключить, что проект фасада разрабатывался до 1804 года (скорее всего для азиатских посланников).
Между тем Университет давно присматривался к дому. «Здание сие хотя еще не доделано, но новое и с выгодным большим местоположением», — писал попечитель московского учебного округа «Дом, где теперь гимназия, более удобен для помещения в нем приезжих, ибо находится среди лавок, а дом, купленный у бригадира Лопухина, назначенный для посланников, весьма приличен для гимназии»,- соглашался министр внутренних дел (1804 г.) и. Александр I велел осмотреть лопухинский дом и если переделки его будут велики, искать для гимназии новый.
Осмотром, по-видимому, остались довольны, ибо уже в следующем году испрашивались деньги на достройку. В начале 1806 года доклад о представлении дома гимназии был утвержден (хотя формально во владение гимназии он поступил спустя несколько лет), и с тех пор владелец дома уже не менялся в течение ста с лишним лет.
Из первой сметы (1805 г., подписана губернским архитектором Селеховым) видно, что до окончания строительства было еще очень далеко: не было ни крыши, ни балок перекрытий, ни окон; часть стен делалась заново. К тому же во время строительства случился пожар. Когда он произошел, точно неизвестно (в документах о нем только глухое упоминание), но скорее всего в 1810 году. Доказательства этому следующие: дом отстраивался после пожара «под присмотром Казакова», а имя Казакова впервые встречается в смете 1810 года. В 1811 году на возобновление Лопухинского дома отпущена очень большая сумма денег — 135 тыс. рублей. Судя по этой сумме, пожар был довольно крупным, хотя балки и кровля остались в сохранности. По мнению Казакова, дом стал «ненадежен». Было ли начато восстановление — неизвестно, но пришел 1812 год, и дом снова сгорел, на этот раз дотла. Состояние его красноречиво описал директор гимназии Дружинин. «Кроме одних стен, да и то местами пожаром поврежденных, ничего не осталось… Карниз весь от жару истрескался, а во многих местах и вовсе упал».
Все началось, таким образом, сначала. Уже в августе 1813 года испрашивались деньги на первоочередные работы (покрытие кровли и т. п.).
В 1814 году была составлена новая смета и в ее основу была положена смета 1810 года, казаковская, ибо гимназия решила восстановить дом по казаковскому проекту. В 1819 году гимназия, наконец, была торжественно открыта е, а для дома закончилась двадцатилетняя полоса непрерывных переделок и ремонтов.
Сведения И. Э. Грабаря, что дом перестраивался Д. Г. Григорьевым в 1833 году, неверны (они относятся к соседнему дому — № 18). Лопухинский же дом восстанавливал, очевидно, Н. Соболевский, который был университетским архитектором с 1815 по 1819 год. Перестройка была произведена в основном по казаковскому проекту с небольшими отступлениями: вместо отдельно стоящего портика — портик из полуколонн, в первом этаже «гребешки» (крепованный замок) в третьем «подушки» (камни под плитой подоконника) естественная ампиризация проекта. Окно мезонина имеет более плоскую дугу, а у самого мезонина балкон с решеткой, по сторонам центра мезонина окна имеют пилястровый портик (вроде декоративного эркера) и т. д. Интересно, что на чертеже 1797 года полуциркульные окна первого этажа имеют довольно некрасивую вялую форму; у Казакова они исправлены, а на чертеже середины XIX века — точно такие же, как были в конце XVIII века. Планировка была, вероятно, именно такой, какой показана на чертеже и в экспликации казаковского проекта (сравните с описанием, составленным одним из воспитанников гимназии) а.
Вид дома в это время известен по гравированному фасаду в книге Комиссии для строений и по литографии Г. Барановского 1849 года, которая с фасадом Комиссии совпадает во всех деталях. Эта литография донесла до нас аромат своеобразного культурного уголка Москвы: тихий переулок, идущий от Пречистенки мимо гимназического здания, садик перед домом, деревянный забор, огораживающий этот сад.
На литографии мы впервые видим фасад дома по переулку: ризалит в нижнем этаже, а над ним, как и предполагалось выше, на высоту второго и третьего этажей,- пилястровый портик.