Главный приходский Спасо-Преображенский храм был шатровым. В 1690 г. он сгорел от удара молнии. На его месте в 1714 г. была построена существующая и поныне ярусная многоглавая церковь с тем же названием.

Преображенская церковь — самая сложная и интересная среди памятников северного деревянного зодчества. Под пышностью ее 22 глав не сразу можно уловить строгую продуманность общей системы архитектурных форм. Основная часть здания — ярусная. Это три восьмерика, поставленных один на другой. К широкому нижнему восьмерику примыкают четыре пристройки, прямоугольные в плане. Все они имеют фигурные завершения, так называемые «бочки». С востока пристроен небольшой алтарь, с запада — широкое крыльцо.

Купола расположены ярусами, поднимающимися к центральной главе. Первый и второй ярусы — на уступах боковых «прирубов»; третий — на главном, большом восьмерике, четвертый — на следующем среднем восьмерике, и, наконец, пятый ярус образован самой верхней, венчающей здание главой, поставленной на маленький восьмерик. Все элементы согласованы и подчинены единой архитектурной идее. Каждая часть постройки подчеркивает динамичность общей композиции, усиливает впечатление непрерывного устремления вверх.

Ступенчатость, пирамидальность просматриваются уже в соотношении основных объемов: высота частей постепенно нарастает от двухступенчатых боковых прирубов к центральным восьмерикам. Движение ввысь подчеркнуто и заостренными «бочками». Ощущение стремительного подъема достигает предельной силы в ярусах главок, словно взбегающих по уступам крыш.

Казалось бы, огромная 35-метровая высота сооружения предполагает столь же стремительно возносящееся внутреннее пространство. В действительности же оно, хотя и выше паперти, но не столь высоко, как ожидаешь, стоя перед храмом.

Незначительная высота внутреннего пространства Преображенской церкви не является исключением. Она свойственна всем деревянным культовым сооружениям Севера, начиная от клетских церквей и заканчивая многоглавыми. Потолки в северных церквях подшивались «небом». Оно представляет собой систему радиально расположенных балок, нижние концы которых упираются в стены, а верхние, слегка приподнятые к центру, связаны деревянным кольцом; балки обшиты досками, украшены росписью.

Впечатление гармонии и законченности внутри Кижской церкви достигается сочетанием простоты бревенчатых стен, наличников, скромных резных «опушек» лавок и нарядностью росписей потолка и иконостаса. Иконостас по богатству своих форм и звучности красок превосходит все остальное убранство церкви. Существующий ныне золоченый резной иконостас Преображенской церкви относится ко второй половине XVIII в.

В этой церкви привлекают внимание и детали. Наиболее богато убрано высокое крыльцо с двумя крутыми лестницами — всходами. Оно не только было входом в храм, но и служило трибуной для многолюдных народных собраний. Резьба крыльца чрезвычайно проста и строга по рисунку, но на фоне обычного бревенчатого сруба паперти крыльцо выделяется своей декоративностью.

Кижская Преображенская церковь, отличающаяся необычной цельностью композиции и гармонией всех своих частей, явилась как бы венцом деревянного зодчества на Руси. Не случайно и поныне в Заонежье бытует легенда о том, что, «срубив свою многоверхую церковь Преображения и закончив труд свой, плотник бросил топор далеко в Онежское озеро, произнеся: «Церковь эту построил мастер Нестор… Не было, нет и не будет такой».

И действительно, архитектура ее поражает: она необычайна по своей сложности и простоте. В каком состоянии находится этот храм сегодня, ответить трудно. Известно, что были предприняты различные методы ее реставрации, предложенные архитекторами, учеными, химиками, конструкторами, но найдено ли эффективное решение ее спасения, неизвестно.