По своей архитектуре и оборонительному устройству крепостные сооружения монастырей мало отличались от аналогичных городских укреплений. Крепостные стены и башни монастырей, окружающие разнообразные хозяйственные и жилые постройки, сосредоточенные вокруг здания собора в центре, создают живописный архитектурный ансамбль, гармонично связанный с окружающим природным ландшафтом.

Реки, озера и специально устроенные системы прудов использовались монастырями не только в хозяйственных целях — они имели также важное значение для обороны, дополняя ее естественными водными препятствиями. Некоторым своеобразием отличаются крепостные сооружения монастырей в более отдаленных от центра местах и в пограничных районах, как, например, в Борисоглебском, Кирилловом—Белозерском, Псково-Печерском, Соловецком  и др..

Огромный масштаб государственного крепостного строительства, развернувшегося в XVI в. не только в столице, но и на периферии, настоятельная необходимость централизации руководства этим строительством — все это вынуждает правительство создать в 1585 г. специальное строительное учреждение — Приказ каменных дел. Организация Приказа способствовала планированию крупных работ, централизованному учету квалифицированных строительных кадров, более планомерной заготовке строительных материалов и даже введению некоторой стандартизации основных строительных материалов. Создание центрального учреждения обеспечило оперативное руководство наиболее важными с государственной точки зрения объектами строительства.

Гражданская архитектура. В русской архитектуре, как и в архитектуре других народов, на всех этапах ее развития самым распространенным и массовым видом строительства было жилое. Основным строительным материалом было дерево, а коллективным зодчим — творческий труд поколений безымянных народных зодчих, создавших своеобразный тип жилого дома — крестьянскую избу.

На протяжении столетий народные плотники совершенствовали свои композиционные и конструктивные приемы, которые постепенно становятся типовыми.

Как планировка жилых и хозяйственных построек, так и их объемная композиция отражали жизненный уклад крестьянина. В лаконичной художественной обработке архитектурных деталей умело сочетались специфические свойства дерева как строительного и декоративного материала. В силу консерватизма и замкнутости сельского быта в крестьянском зодчестве в течение столетий почти неизменно сохранялись ранее выработанные архитектурные приемы, вследствие чего точная датировка памятников деревянного зодчества довольно затруднительна. Народное зодчество развивалось наиболее самобытно, не испытывая каких- либо заметных внешних влияний, и если рубленые деревянные жилые постройки древней Руси имеют некоторые общие черты с аналогичными постройками соседних славянских народов и Скандинавии, то это объясняется в основном близостью жизненных условий — бытовых и климатических, представление только на основании скудных данных археологических раскопок, старинных рисунков и отрывочных замечаний в записках современников, главным образом иноземных купцов и послов. Обычная крестьянская изба этого времени представляла в плане прямоугольный сруб со сторонами 5—6 м длины. По середине избы или у входа устраивалась большая печь с лежанкой, топившаяся по-черному, т. е. не имевшая специального дымохода. Вдоль стен стояли широкие деревянные скамьи со столом в переднем, или «красном», углу. Жилые дома более состоятельных крестьян представляли несколько отдельных срубов, поставленных рядом и объединявшихся между собой холодными сенями. К ним примыкали хозяйственные постройки — в зависимости от достатка хозяев дома.

Изба городского ремесленника мало отличалась от обычной крестьянской избы, так же как жилые постройки более состоятельных горожан от более богатого сельского жилья. Английский посол Флетчер так описывает русские жилые постройки конца

XVI в.: «дома их деревянные, построены весьма прочно и тепло из сосновых бревен, которые кладутся одно на другое и скрепляются по углам связями. Между бревнами кладут мох для предохранения от действия наружного воздуха. Каждый дом имеет лестницу, ведущую в комнаты со двора или с улицы. Деревянная постройка для русских, по-видимому, гораздо удобнее, нежели каменная или кирпичная, потому что в последних больше сырости и они холоднее, чем деревянные дома, особенно из сухого соснового леса, который дает больше тепла. Можно выстроить порядочный дом рублей за 20 или за 30 или немного более, даже там, где мало леса».