Тауэр в те годы уже не был королевским дворцом, но оставался тюрьмой. В 1640-е гг. здесь томились граф Страффорл, архиепископ кентерберийский Уильям Лол и герцог Альбемарль; в 1660-е гг. в этих стенах ждали приговора несколько убийц короля Карла I и квакер Уильям Пенн; здесь в 1679 г. находился Сэмюэл Пипе, обвиненный в причастности к заговору Тита Оутса; в 1680-е гг. узниками были Алджернон Сидни, герцог Монмаут, и судья Лжеффриз.
Словом, за зарешеченным окном этой тюрьмы всегда можно было увидеть одно из всем известных лиц. Примечательными местами в Тауэре были «Ворота предателей» («Трейторз-гейт») возле рва, куда с шумом падала вода, и королевский зверинец со львами, тиграми, леопардами, орлами, совами и двуногой собакой.
Такими же диковинными, как звери в Тауэре, были экспонаты в музее Королевского общества: «кожа мавра целиком, темная от покрывающих ее волос», «зуб длиной в дюйм, вынутый из матки женщины», «кусок кости сэра Уильяма Трогмортона».
