К этому времени городской посад слился уже с ремесленными слободами, ранее бывшими за чертой города. Укрепления Белого города не смогли охватить разросшуюся территорию московского посада и в 1591 г. — сразу же после одного из неожиданных татарских набегов, когда незащищенные слободы были разграблены и сожжены — было построено третье и самое большое кольцо городских укреплений протяженностью 15 км, получившее название Скородом. Его дубовые стены и 27 башен были срублены в течение года и были окружены снаружи сухим рвом и земляным валом.

Крепостное строительство занимает значительное место в каменном зодчестве XVI в. Развитие артиллерии вызывает необходимость коренной перестройки ряда старых крепостей на северо-западных границах. Начиная с реконструкции укреплений Новгорода и создания новой крепости Ивангорода, где работы ведутся одновременно со строительством Московского Кремля, позднее постепенно и последовательно подвергаются коренной реконструкции старые укрепления Ладоги, Копорья, Орехова, Яма,

Пскова, Изборска, Острова и Великих Лук. Новая крепость Ивангород стала звеном, соединившим северный участок оборонительной линии с западным, и таким образом было создано мощное полукольцо боевых форпостов, защищавшее русские земли от агрессивных устремлений Ливонского ордена и Швеции, подобно тому, как укрепления Засечной черты защищали юго-восточные рубежи от татар. Организация такой линейной системы военно-оборонительных сооружений, включающей отдельные крепости, укрепленные города, монастыри и различные естественные препятствия, была большим достижением русской фортификационной науки и архитектурно-строительной практики по сравнению с прежними изолированными центрами обороны отдельных феодальных владений, что было характерно для Руси периода феодальной раздробленности и для западноевропейских государств даже и в XV—XVI вв.

Сложная система оборонительных линий, созданных в XVI в. на северо-западных и юго-восточных окраинах страны и на ближних подступах к Москве, свидетельствует не только об энергичных действиях центрального правительства, но и о большой творческой работе русских зодчих «градодельцев», построивших в это время каменные укрепления кремлей в Нижнем Новгороде, Туле, Коломне, Зарайске, Серпухове, Казани, Астрахани, Смоленске.

В государственной системе оборонительных линий важную роль играли также монастырские крепости, которые до XVI в. были в основном деревянными и только с этого времени в наиболее богатых монастырях их начинают заменять каменными. Возведение каменных укреплений вокруг монастырей приобретает широкий размах во второй половине XVI в., когда резко обостряются классовые противоречия в связи с усилением феодальной эксплуатации, облеченной в юридическую форму крепостного права, и это приводит к открытым крестьянским восстаниям против феодального гнета. Поэтому крепостные стены богатых монастырей возводились не только с целью обороны от внешних врагов, но и для защиты церковных богатств от стихийных крестьянских восстаний.