В интерьере и в устройстве соборного покрытия мы уже отмечали обращение архиепископа Афанасия к новгородским образцам. Во внешнем облике храма нет буквального использования новгородских мотивов, обращение к ним ощутимо, скорее, на образном уровне: среди многочисленных составляющих архитектуры собора есть и те, которые вызывают в памяти памятники XVI-XVII вв. в самом Новгороде и в его ближайших окрестностях. Для церковных иерархов второй половины XVII в. новгородское искусство приобретает особое значение, связанное с деятельностью патриарха Никона. Так, в строительстве ростовского митрополита Ионы Сысоевича можно обнаружить очевидные параллели с архитектурой Новгорода. По всей видимости, архиепископ Афанасий также относился к числу почитателей новгородской архитектурной традиции.

Однако образ холмогорского собора не исчерпывается перечисленными выше образцами и аналогиями, что еще раз подчеркивает один из важнейших для XVII в. принципов образного построения — свободную комбинацию различных форм и мотивов в одном памятнике. Это, конечно, не принцип эклектики, поскольку само варьирование форм осуществляется в пределах одной системы, но из разных ее частей. В многообразии форм и их источников нет и какого-то идейного значения, оно все уже заключено в самом типе — это многообразие вытекает из стихийного характера творчества мастеров, прямо на строительной площадке выдумывающих разные «уборы» для серьезного и внушительного, государственного по звучанию, соборного типа. Во внешнем облике холмогорского собора присутствует важнейшее качество — хорошая система пропорционирования, говорящая о глубоком изучении лучших образцов соборного типа и, возможно, столичной выучке мастеров, строивших храм.

Спасо-Преображенский собор в Холмогорах оказал значительное воздействие на архитектуру Русского Севера конца XVII — начала XVIII в.54. Создав кафедральный собор, архиепископ Афанасий продемонстрировал «формулу» церковного сооружения, которая отныне должна была служить точкой отсчета в строительной практике подначальной ему епархии. В дальнейшем конструктивная и декоративная схемы собора в виде набора отдельных элементов и приемов варьировались в зависимости от величины и особенностей строившегося здания. Формы холмогорского собора были восприняты мастерами Каргополя, освоившими соборный тип храма (в четырехстолпном варианте, но с четырьмя пряслами на боковых фасадах, как у шестистолпных храмов). Естественно также восприятие декоративных деталей собора теми мастерами, которые строят немногим позднее в районе Холмогор и Архангельска. Кафедральный Преображенский храм стоит у истоков новой епархиальной архитектурной школы XVII в., но это сугубо региональное значение вовсе не исчерпывает роли холмогорского собора в русском зодчестве конца XVII столетия.

Памятник находится на переломе эпох и стилей в русской архитектуре. Если и можно заметить начало новых архитектурных веяний в Холмогорах, то в особом радостном ощущении пространства, светозарности интерьера и неперегруженной декоративности фасадов. Это только знаки грядущей эпохи, но самих форм нового стиля (нарышкинского) в соборе обнаружить нельзя. Вместе с тем, несмотря на традиционность самого типа и традиционность декора эпохи узорочья, в соборе ощутима та свобода, которая достигается длительным развитием типа, его внутренней эволюцией, та свобода, которая говорит не о власти канона и упадке этого типа, а о раскованности мастеров, нашедших выход в подборе пропорционального и декоративного строя для заданного образца.

Собор в Холмогорах является фактически последним храмом чистого соборного типа, поскольку последующие образцы будут этот тип примерять к другой эстетике и изменять в соответствии с ренессансной рациональностью декора нового нарышкинского стиля. Этот опыт архиепископа Афанасия и братьев Стафуровых как бы завершает и увенчивает эволюцию соборного шестистолпного типа в XVII в. и показывает значение архиерейского заказа для развития названного типа55. Рискованное новаторство Никона и его мастеров в валдайском соборе сменилось в соборах, возведенных по заказу митрополита Ионы и архиепископа Афанасия, возвращением к варианту, найденному в построенном по заказу царя соборе Макарьева-Желтоводского монастыря. Этот вариант в холмогорском соборе приобрел черты декоративности и изысканности, которые отличают его от собора-предшественника в Ярославле и делают его одной из вершин русской архитектуры.