Архиепископ Афанасий — один из самых ярких церковных деятелей XVII в. Разносторонне образованный, обладавший, помимо организаторских способностей, многими художественными талантами, Афанасий, прибыв на Холмогоры в октябре 1682 г., начал увлеченно обустраивать вверенную ему обширную церковную область. Главным направлением его деятельности по укреплению на севере позиций государственной церкви стало фантастическое по своим масштабам каменное строительство. В течение двух последних десятилетий XVII в., до смерти архиепископа в 1702 г., в окрестностях Холмогор были возведены Никольская (Вознесенская) церковь в Верхних Матигорах (1686-1694 гг.), Троицкий собор на Ухт-остро- ве (1682-1690 гг.) и там же Варваринская церковь (1690-е гг.)35. Столица новой епархии Холмогоры украсилась величественным кафедральным Преображенским собором с шатровой колокольней, каменным комплексом архиерейского двора с двухэтажными палатами, надвратным домовым храмом архиепископа и церковью Двенадцати апостолов.

Архиепископ Афанасий, по всей видимости неплохо разбиравшийся в архитектуре и увлеченный ею, лично контролировал весь объем развернувшихся строительных работ. Он был последовательным сторонником архитектурного направления, в основе которого лежали принципы древнего зодчества. Вслед за патриархом Никоном, в своих храмозданных грамотах Афанасий определял прежде всего не шатровый тип завершения здания и настаивал на троечастном круглом алтаре. Сохранилось множество подобных документов, причем даже при сооружении деревянных церквей эти принципы выдвигались в качестве основных36. Из грамот видно, насколько скрупулезно архиепископ подходил в каждом отдельном случае к сооружению храма, детально описывая особенности композиций и убранства зданий. Среди его построек все разнообразие церковной типологии: четырехстолпные пятиглавые храмы (собор Михайло-Архангельского монастыря в Архангельске), увенчанная пятиглавием бесстолпная церковь с приделами, трапезной и колокольней — типа московского посадского храма (церковь в Верхних Матигорах), надвратная церковь, а также сложный шестистолпный собор с развернутой внутренней композицией.

В. Верюжский в своем исследовании об архиепископе Афанасии приводит текст царской грамоты от 29 мая 1684 г. на имя Двинского воеводы Никиты Константиновича Стрешнева, откуда становится понятным, что часть средств на строительные нужды поступала к Холмогорскому архиепископу из государевой казны37. Однако существовали и другие источники денежных поступлений: из доходов от домовых архиерейских имений, из собственного имущества Афанасия, а также из пожертвований благотворителей38.

В описании любого действия архиепископа Афанасия видится значительность и церемониальность, призванные укрепить авторитет официальной церкви в Двинской земле, а следовательно, авторитет архипастыря и его миссии. По прибытии в Холмогоры осенью 1682 г. Афанасий организует себе торжественную встречу с переносом (!) празднования дня соборной церкви — Преображения Господня39. С особенным вниманием и серьезностью архиепископ подошел к вопросу закладки нового кафедрального собора, показав себя в качестве знатока и любителя древних церковных обрядов.

Основание нового собора40 архиепископ обставил со всевозможной торжественностью, в соответствии с московскими порядками: «1685 года, Мая 11, в понедельник, по литургии, пришед архиерей из церкве, размерял место, где быть соборной каменной церкви, и по размерении, пел молебен Преображению; на каноне кадил, где основанию быти, и святою водою кропил. По молебне первее начал заступом копати, где стене быть, начен от востока, изимая земли по трижды, так и от прочих стран, по сих благословил прочих рвы копати. В тоже лето, Августа 27 числа, в четверток, на память преподобного Пимена Великаго, Преосвященный Афанасий Архиепископ на Холмогорах сотвори по чину требника Петра Могилы основание соборныя церкви Преображения Господня каменной»41.

Среди приходно-расходных документов Холмогорского архиерейского дома часто встречаются имена строителей братьев Стафуровых42. Сохранилась их подрядная запись на строительство Спасо-Преображенского собора: «Ноября 5 день дому преосвященного архиепископа дети боярские Федка да Иван да подьячей Дмитрей Спиридоновы дети Стафуровы подрядили с воли преосвященнаго архиепископа зделать на Холмогорах соборная церковь во имя Благолепного Спасова Преображения з готового буту и обрезу на шти столбах, высоту от земли до кровли 10 сажен, …а с нут- реную сторону от полу до нижних окон зделать той церкви две сажени, высота окнам в свету по пяти аршин, а над окнами зделать прями четыре аршина, и на той прями круг церкви полать, а на полате зделать прями под верхние окна четыре аршина, а верхние окна высотой и шириною против нижних окон. И круг тех нижних окон и верхних окон зделать огиби полу кирпичные, и от окон огибать на обе стороны тою ж тескою, и от лопатки до лопатки круг всей церкви, да над теми верхними окнами зделать вне церкви закомары и около закомар огибать огибми разною тескою по уго- жеству, и с тех стен и с столбов зделать своды, и на сводах класть шеи, а высотою большая шея шесть сажен, а меньшие по три сажени… Да у той церкви против дверей зделать три кралца… з готового ж буту и обрезу зде- лать по угожеству, …да над олтарем по услае зделать две полаты, а делать то все вышеописанное строение по указу преосвященного архиепископа и против образца добрым мастерством…»43.