Дворец возводили на прежнем месте, причем меняя его старую конфигурацию. Высотная доминанта — повалуша — была разобрана, и все строение приобрело однофасадное правильное очертание взамен старорусской асимметрии равновеликих объемов. Кто был автором этой идеи — неизвестно. Ранее, в 1670-е гг. нечто подобное было выстроено в Алексеевском, но Воробьево превосходило его размерами зданий. Здесь нашли отражение новые вкусы входившего и в деревянное зодчество стиля “нарышкинского барокко”. Прежде всего, это симметрия и подчеркнутый монументальный характер построек. Необычной была и часовая башня (очевидно, над Передними воротами), что, впрочем, находит аналогии в Коломенском и Преображенском. Без сомнения, Федор Алексеевич задумал превратить Воробьево в одну из лучших своих резиденций. Поставленное на высоких кручах живописной излучины Москвы-реки, здание величаво смотрелось на фоне дворцовых рощ и садов. Сооружения Воробьева брались за образец при аналогичном строительстве в других усадьбах. Известно, например, что в 1681 г. Передние ворота в селе Алексеевском было указано сделать, “как делано в селе Воробьеве”.

В начале 1682 г. в государевом хоромном строении в Воробьеве поверх чердаков были сделаны гульбища. “И по всем хоромам и чердакам построить балясы”, — наставлялось в уговорной записи. Балясы выполняли не только практическое значение, но и служили украшением кровель, будучи поставлены “по обломам” крыши. В этом сказалась чисто европейская традиция декоративного парапета, примененная, может быть, впервые в Воробьеве. В том же 1682 г. хоромы были застеклены; для остекления чердаков доставлены полтораста решеток “по-стеколчатому”. С этого момента работы приостановились вплоть до 1685 г.

Были выстроены не только хоромы, но и избушки, дворы с Колымажным сараем, обновлены боярские дворы. С 1681 г. в Воробьеве упоминаются две деревянные церкви. Для одной из них, во имя Сергия Радонежского в дворцовом саду, в июне того же года расписывал иконостас талантливый живописец Карп Золотарев. В июле—августе расписана по стенам и потолкам пятиглавая церковь во имя образа Богоматери Живописный источник. В работах участвовали ученики Ивана Безмина — Григорий Второй, Артемий Евсеев, Леонтий Попов, Антон Антипин, Дмитрий Васильев, Федор Васильев, Борис Павлов, Юрий Васильев и Борис Шпенек — все “живописного письма ученики” 13.

От 1740 г. дошла опись дворцовой церкви Живописного источника, дающая представление об иконном убранстве и внутреннем виде сооружения. Большинство образов были без окладов, но ветхих среди них не названо. Обращают внимание две иконы небесных покровителей царя Федора Алексеевича — св. Федора Стратилата и Агафии и св. благоверного князя Федора с Давыдом и Константином. Иконостас состоял из четырех чинов — местного (4 иконы), праздничного (8 икон), деисусного (восемь апостолов и образ Печерской Богоматери) и пророческого (“в средине образ всемилостивого Спаса, по сторонам восемь образов пророков”) 14.

В утвари храма не было ничего примечательного. Сама церковь к тому времени была уже ветхой, да и в пору своего расцвета вряд ли считалась богатой. Судя по “Ружной разметной книге” 1698/1699 гг., ее причт состоял из попа, дьячка и пономаря, содержавшихся на государевом жалованьи. В 1700 г. по указу Петра I множество дворцовых церквей было снято с довольствия государства, но привилегии за храмом в Воробьеве остались — “буде земель и иных доходов и приходцких дворов нет”. Тогда многочисленным службам в храме предшествовал перезвон шести колоколов.

Дальнейший этап перестройки Воробьева связан с 1685 г., хотя идея подведения под хоромы каменных подклетов начала осуществляться годом раньше, когда стали подряжать работников на новое строительство. В августе 1685 г. из дворцового села Пахрино на Воробьевы горы привезли 4 500 каменей аршинных, 4 200 каменей ступенных, 900 бочек извести “к строению х каменным хоромам крылец”. Было наказано “под деревянные хоромы зделась каменные подклеты в длину на осмидесяти саженях без аршина, поперег на шти саженях с полусаженью, пятдесят семь житей; да под тое хоромы проезд, и с том числе зделать под столовую в длину по полтрети сажени, поперег по две сажени… И все каменное дело зделать под делку самым добрым мастерством, чтоб тому каменному делу порухи не было” ь.

Подряд заключили с каменщиком Артюшкой Даниловым. Под его началом находилось до ста человек, выполнявших самые разные работы — от замеса раствора до укладки кирпичей. В случае обнаружения каких-либо неисправностей в деревянных конструкциях, вызванных подведением подклетов, Данилов брался их исправлять. В качестве руководства ему был предоставлен чертежный проект, отступление от которого возможно было лишь в случае личного приказания “великих государей” относительно количества дверей и окон в деревянном ярусе над подклетами.

А.А. Тиц, сверив подрядную запись А. Данилова с обмерными чертежами Воробьевского дворца середины XVIII в., доказал, что в процессе строительства некоторые предписанные размеры стен были уточнены. В основном это касалось центральной части дворца, где находилась Столовая палата. “Она, видимо, вообще несколько была переработана, так как среди всех указанных размеров отсутствуют размеры трех палат, располагавшихся во втором ряду за столовой”, — отмечал исследователь 16. Разбивка была геометрически точной, и ширина боковых ячеек подклета действительно оказалась равной половине пролета столовой — 2,5 саженей, что и было оговорено в записи. Столовая была значительно выделена размерами относительно остальных помещений, что придавало ей парадный характер.