На строительство второго этажа дворца было истрачено 4 748 руб. — сумма по тем временам очень значительная. Эта стройка имела сугубо политический характер: Софья, противодействуя Нарышкиным, не жалела средств для монастыря, который был тесно связан с родом Милославских. О масштабах работ, великолепии отделки интерьеров и фасадов сейчас можно только догадываться.

В 1721 г. “в том Саввине монастыре на каменных палатах, которые были построены для пришествия ее императорского величества фамилии, кровля и в них подволоки и полы, волею Божию, все сгорело и ныне стоит не покрыты и от дождя и от снега во многих своды исподние повреждены”. Об этом мы узнаем из доношения архимандрита Досифея, датированного 1729 г. 7 При нем была составлена канцеляристом Зотом Кожиным и опись, с переченем помещений сгоревшего этажа, состоявшего из 12 палат, 6 комнат, И сеней и 7 нужников. Практически все помещения из описи находят свои места на существующем плане дворца.

В 1731 г. в монастырь были направлены архитекторы Иван Мичурин и Иван Мордвинов для осмотра строений и составления сметы на их ремонт. Однако до работ дело не дошло. После поездки в монастырь в период коронационных торжеств 1742 г. императрицы Елизаветы Петровны было выполнено новое “свидетельствование” состояния дворца. Составлялись подобные описи и после. Только в 1748 г. были закончены работы по кровле. Крыша была сделана “в два теса с переломом”. Такую форму крыши можно видеть и на чертеже 1778 г., выполненном Крыловым 9. Отделочные работы по дворцу частично были выполнены, но после смерти Елизаветы Петровны казенные ассигнования прекратились. С 1761 г. материалы для ремонтных работ по дворцу в монастырских расходных книгах не значатся.

В 1774 г. в Коллегию экономии от архимандрита Евстафия поступило очередное доношение о состоянии государевых палат, “которые по згорению в давних годах состоят в подвесть не малой ветхости, особливо кровля веема обветшала, поэтому бывает великая теча сквозь накатные потолки… на каменные своды, ибо полов совсем не имеется, от чего нижниму строению чинится повреждение…”

В 1773 г. в монастырь был направлен архитектор Григорий Бартенев, которым сделаны “означенному Саввину Сторожевскому монастырю план и ветхостям опись и смета”. К сожалению, план Бартенева не обнаружен, но дошедшие опись и смета содержат немало сведений о строительных приемах и материалах, использованных при проведении ремонтных работ в то время. Согласно этим документам, по дворцу были намечены: разборка наружных крылец на второй этаж, закладка верхних дверных проемов и переделка их под оконные, устройство внутри покоев двух деревянных лестниц. Сметой также предписывалось: “…Во все двери столярные затворы с филенгами из соснового лесу, с слесарными петлями и задвижками, с медными замками, а в окна окончины подъемные в дубовых рамах и преплетах с российскими белыми стеклами вновь зделать. И по стенам во всех покоях и сенях зделать деревянные столярные плинты, и оные двери и рамы, окончины и плинты выкрасить белилами на масле”. А вот интересное упоминание об отделке помещений: “…Потолки подмазать вновь штокатурною работаю глатко с постенными карнизами и около окон и дверей с наличниками, а в залах по потолкам вытянуть рамы, а в нижнем этаже, во всех покоях и сенях на стенах и сводах находящиеся седины расчистя, замазать и повредившую подмаску починить. И все оные покои, сени и нужники выбелить известью”. Также сообщалось, что в залах на стенах применялись обои из “разной шелковой материи”, настилались тесовые полы.

На плане показана 21 изразцовая каемчатая печь двух видов: зеленые и синие. В большом зале “печь изразцовая синяя каемчатая, а в наугольной палате изразцовая и живописная кафейная”. Некоторые печи надлежало разбирать с фундаментом и делать вновь. Судя по смете, по дворцу был намечен очередной капитальный ремонт. Но только в конце 1777 г. Екатериной II был подписан указ о выделении для этих целей монастырю 8 тыс. руб. в два года.

Одновременно Екатерина II решила построить новый дворец, для чего потребовалось “иметь подробное сведение о Саввине монастыре с показанием всех имеющихся в нем строений, назначив имянно, которые из них каких починок требует…” Для этой цели в монастырь были направлены в середине 1778 г. архитектор Н. Легран и геодезии офицеры А. Крылов и А. Кавалевский с помощниками и учениками. Дошедший до наших дней уникальный план Саввино-Сторожевского монастыря, выполненный в 1778 г. архитектором Н. Леграном, возможно, является копией с плана Григория Бартенева и показывает не фиксацию состояния построек, а проектные предложения к смете Бартенева с показом переделок. Например, на этом плане указаны уже разобранные северное парадное крыльцо дворца, переход к собору и две внутренние деревянные лестницы, которые были сделаны позднее и совсем в других местах.

К концу 1780 г. из выделенных на дворец средств было истрачено 2 693 руб., что на одну треть меньше запрашиваемой Г. Бартеневым суммы. В это время по тогдашней моде были переделаны фасады дворца, для чего срубили весь декор середины XVII в. и растесали окна первого этажа. Над окнами второго этажа протесали ниши ложного второго света. В те же годы были разобраны крыльца и лестницы в помещения второго этажа и сделаны внутренние лестницы 15.

В 1830-х гг. монастырь “осмечивался” трижды: в 1823, 1826 гг. архитектором Балашовым и в 1828 г. архитектором Борисовым. Монастырские власти предпочли смету Борисова как целенаправленную и экономичную. В ней были намечены следующие работы: “…[Северная. — В.П.] пристройка по ветхости к починке и помещении неспособна, почему назначается в сломку… Две беседки и переход от ветхости сломать и сделать на стойках балкон противу залы… По сломке тесовой кровли стропилы переставить одно от другого не далее 3 арш[ин] с переделкою по пропорции…”

В смете 1826 г. упоминается парадная внутренняя лестница шириной 3 аршина с каменными ступенями и площадками 17. Она находилась в центре здания против Рождественского собора. Возведенная в конце XVIII в. взамен разобранных наружных крылец, она существовала до середины XX в. Восточный фасад дворца первой трети XIX в. показан на чертеже 1827 г., выполненном архитектором Борисовым.

В конце XIX в. окна второго этажа были декорированы лепными наличниками с витыми колонками и сандриками на кронштейнах. Они сохранились до настоящего времени на окнах торцевого северного фасада.

За период своего существования дворец претерпел множество перестроек и поновлений. Была значительно изменена его планировка, перестроена крыша, полностью утрачен первоначальный декор фасада, уничтожены элементы архитектурного оформления интерьеров. Реставрационные работы в нем были начаты в 1930-х гг. под руководством архитектора В.И. Федорова. Тогда были восстановлены фасады дворца и частично его планировка. Одновременно помещения были приспособлены под нужды военного санатория, занимавшего в тот период отдельные здания монастыря.